联合国教科文组织9日公布2015年入选世界记忆名录的47个项目名单，其中包括中国申报的《南京大屠杀档案》。日本对于中国申遗成功反应强烈，外务省官员表示“强烈谴责”，自民党人士声称要“暂停承担教科文组织的经费”。中国联合国问题专家张贵洪11日接受《环球时报》记者采访时表示，日本若停缴经费，对教科文组织产生不了长期影响，但会损害日本的国际形象。
据日本共同社报道，日本政府10日发布外交发言人川村泰久的谈话，声称“对联合国教科文组织作为理应公平中立的国际组织存在着问题，感到极为遗憾”。作为“负责任的”会员国之一，日本要求该组织“实施制度改革，使其不被政治利用”。川村称，“申报项目基于中国的单方面主张，档案完整性和真实性显然有问题”。
日本政府此前对于南京大屠杀遇难者人数的看法都是“学说众多、认定困难”。报道称，日本政府将继续要求中国“自重”。日本政府10日已通过在北京的驻华大使馆向中国外交部抗议，称“不应政治利用教科文组织项目”。
《东京新闻》报道称，日本政府高官担心，中国申遗成功“将使日本政府没有承认的死难者超过30万人的数据”变成既成事实，被加以利用成为宣传日本负面形象的材料。报道认为，中国今后将以此在历史问题上加大对日本的攻势。日本《夕刊富士》称，有自民党官员表示，今后中方申请成功的材料会被公开，日本应极力挽回局面，召集专家证明自己主张的正确性，表明中国的申请给教科文组织造成了伤害。《每日新闻》称，这件事可能会给中日改善关系的泼上冷水。
为抗议教科文组织通过中国《南京大屠杀档案》的申请，日本政府甚至考虑暂停对该组织的经费支持。《夕刊富士》称，自民党国际情报检讨委员会代理委员长表示，“中国的项目申请超出了记录记忆遗产的本来目的，如此不讲道理地被认可，考虑暂停支付联合国教科文组织的经费不是应该的吗？”
据报道，2014年日本支付给教科文组织的经费数额达37.18亿日元(20日元约合人民币1元)，占10.83%。加上临时增加的费用等，日本相当于支援教科文组织超过54亿日元的费用。由于美国暂停向教科文组织缴费，日本实际上是该组织的“第一大金主”。
正式成立于1946年的联合国教科文组织总部设在法国巴黎，会员国约200个。组织机构主要是大会和执行局。大会是主要决策机构，由所有会员国代表组成，每两年举行一次会议。它按照“一国一票”的原则批准教科文组织的双年度方案和预算。执行局由58个会员国组成，负责确保执行大会通过的各项方案。
根据联合国教科文组织37C/5号文件批准计划与预算，2014-2015年该组织预算为6.53亿美元，主要由会员国提交的经费分摊。主要支出项目是人事费和项目费用。根据2014—2015年会员国经费分摊比例表显示，占大头的是美国，22%，其次是日本10.8%、德国7.1%、法国5.9%和中国5.1%。
如果日本停止向教科文组织缴纳经费，该组织在短期内可能会面临一定的财政困难，但其可以通过其他方式弥补这部分资金的空缺。中国也可以通过捐助、承办活动等方式支持该组织的运作。从长期来看，日本的做法不会给教科文组织的财政带去决定性的影响，反而会损害自己的国际形象，对其外交、政治等产生负面影响。有日本问题专家表示，日本对一般性的、公认的历史认识问题予以否认，对地区合作发展、国际社会的和平氛围将造成伤害。
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